In den Stichproben soll gemäß § 31 Abs. 1 MRVO geprüft werden, „ob die im zu begutachtenden Qualitätsmanagementsystem (QMS) angestrebten Wirkungen auf Ebene des einzelnen Studiengangs eintreten“. Die Begründung führt weiter aus, dass in der Stichprobe anhand eines vom Gutachtergremium festzulegenden Studienganges darzulegen ist, […] dass das Qualitätsmanagementsystem die Berücksichtigung aller formalen und fachlich-inhaltlichen Kriterien bei der internen Akkreditierung durch die Hochschule gewährleistet.“ Zusätzlich sind vom Gutachtergremium formale und fachlich-inhaltliche Kriterien festzulegen, […] deren Einhaltung durch das zu begutachtende Qualitätsmanagementsystem gewährleistet werden muss.“
Da das Gutachtergremium in der Systemakkreditierung in der Regel keine studienfachbezogene Expertise aufweist oder zumindest eine solche nicht aufweisen muss (s. Begründung zu § 25 Abs. 2 MRVO), geht es bei den Stichproben auch nicht darum, eine umfassende (erneute) gutachterliche Überprüfung eines Studiengangs oder mehrerer Studiengänge vorzunehmen. Vielmehr zielen die Stichproben darauf ab, zu überprüfen, ob die Begutachtung von Studiengängen durch das QMS der Hochschule auf einer vollständigen und plausiblen Bewertung aller formalen und fachlich-inhaltlichen Kriterien der einschlägigen Landesrechtsverordnung beruht und ob die Funktionalität des QMS mit Blick auf die Einhaltung der Kriterien auch im Sinne geschlossener Regelkreise gewährleistet ist.
Das Erkenntnisinteresse richtet sich folglich im Kern auf die Funktionsfähigkeit des QMS, die durch die eingehende Betrachtung exemplarisch ausgewählter Studiengänge und Kriterien beurteilt werden soll. Dementsprechend sollen die gutachterlichen Erkenntnisse aus den Stichproben zu Schlussfolgerungen auf der Systemebene führen.
Wie die Stichproben in operativer Hinsicht im Einzelfall konkret durchzuführen sind, lässt die Musterrechtsverordnung aus gutem Grund offen. Auf diese Weise wird der Agentur bzw. dem Gutachtergremium die Möglichkeit eröffnet, situativ zu entscheiden, an welcher Stelle sie Erkenntnisse aus den Stichproben in die Begutachtung des QMS zurückspiegeln möchte und welche Methoden (Befragung von Studiengangsverantwortlichen oder internen Gutachtenden, Prüfung ausgewählter Sachverhalte auf Aktenbasis, Begehung von Räumlichkeiten etc.) hierbei zum Einsatz kommen sollen.